Areál Jindřichohradeckého hradu a zámku, který se během staletí rozrostl do plochy dnešních tří a půl hektarů má své počátky na místě staršího slovanského hradiště, vzniklého v 10. století na skalnatém ostrohu nad soutokem řeky Nežárky a Hamerského potoka. Mělký údolní zářez potoka byl již v nejstarší době využit pro uměle přehrazenou vodní nádrž – pozdější rybník Vajgar, sloužící k obraně této důležité pevnosti.
Stavba středověkého hradu , nazývaného v nejstarší historické zprávě z r. 1220 „Novum castrum“ (Nový hrad), je spjata se jménem Jindřicha Vítkovce, zakladatele samostatné Vítkovské odnože pánů z Hradce užívající erbu se zlatou růží v modrém poli. Tehdy vznikla okrouhlá Černá věž a navazující palác. Pánům z Hradce sloužil hrad, později rozšířený ve velkorysý zámek, jako hlavní sídlo až do vymření rodu roku 1604. Příslušníci rodu ovlivňovali podstatně veškeré hospodářské, politické i kulturní dění v této oblasti a téměř v každé generaci zastávali i významné funkce na královském dvoře. Význam rodu pánů z Hradce se projevil i v postupném rozšiřování sídla z pevného románsko gotického hradu v monumentální, výtvarně náročně řešenou a dokonale opevněnou gotickou pevnost.
V druhé polovině 16. století, za Adama II. z Hradce proběhla radikální přestavba hradu na reprezentativní zámek, podle vzoru výstavných paláců italské renesance. Z hradní pevnosti tak vzniklo přepychové sídlo, uspokojující nejnáročnější požadavky renesančního šlechtice. Pod vedením Baltazara Maggiho a dalších italských stavebníků bylo na třetím nádvoří postaveno Adamovo stavení, protější Španělské křídlo, obě tyto budovy propojily velké arkády a za nimi, jako koruna tehdejší stavební aktivity, vznikl v malé zahradě hudební pavilon Rondel. Touto velkorysou přestavbou byl stavební vývoj areálu v zásadě ukončen. Úpravy za dalších majitelů měly již jen dílčí charakter a renesanční podobu zámku téměř nepoznamenaly.
S poslední členkou rodu pánů z Hradce se r. 1602 oženil Vilém Slavata z Chlumu a na Košumberce a po smrti jejího bratra Jáchyma Oldřicha r. 1604 se stal dědicem rozsáhlého panství i titulu „ vladař domu hradeckého“. V českých dějinách proslul jako královský místodržící, svržený roku 1618 při tzv. druhé pražské defenestraci z okna Pražského hradu.
Během devadesáti let slavatovské držby zámek nezaznamenal významnější stavební úpravy. Pouze v letech 1678 – 1696 bylo postaveno druhé arkádové křídlo u Rondelu a před ním byla osazena zahradní kašna.
Sňatkem s Marií Josefou Slavatovou, které připadl Jindřichův Hradec jako dědický podíl, jej získal r. 1693 Heřman Jakub Černín z Chudenic. Výkon důležitých státních funkcí i vztah k panovnickému rodu Habsburků přiváděl za prvních Černínů do Jindřichova Hradce významné návštěvy členů císařského dvora i dalších představitelů evropského politického dění.
Za Černínů proběhly poslední větší stavební úpravy zámku, týkající se kaple. V letech 1709 – 1735 byla gotická hradní kaple barokně přestavěna podle projektu F.M.Kaňky.
V roce 1773 postihl zámek i město rozsáhlý požár, který zničil podstatnou část renesančních interiérů i s uměleckými sbírkami. Provizorně zastřešený a svými pány opuštěný zámek dál chátral. Byl využíván jako hospodářské středisko panství, z velkých arkád byly zřízeny stáje, Rondel sloužil jako dřevník, sklad zvěřiny i jako chlév.