Jihočeský kraj není příliš bohatý na nerostné suroviny. Převažuje těžba štěrkopísků, stavebního kamene, cihlářských hlín a v omezené míře keramických jílů, vápence a grafitu. Významným přírodním bohatstvím jsou lesy, které zaujímají více než třetinu plochy kraje (37 %). Proto mělo v minulosti pro Jihočeský kraj velký význam lesnictví a dřevařský průmysl. Vzhledem k nalezištím křemene a křemenného písku zde vznikl také průmysl sklářský. Dalším důležitým odvětvím bylo rybářství a zemědělství. Přírodní podmínky a odlehlost však neumožnily vytvoření dostatečné dopravní infrastruktury a bránily tak dalšímu růstu již existujících výrobních odvětví a ztížily rozvoj nově vzniklých odvětví (papírenský průmysl). Nedostatečné podmínky pro rozvoj průmyslu s sebou dále nesly zaostávání v dalších oblastech - například ve vzdělání. Tato situace se změnila s příchodem elektřiny a možností jejího masového využití. Průmysl se začal více rozvíjet. Nejvíce průmyslové výroby bylo soustředěno v okolí Českých Budějovic. Zbývající část Jihočeského kraje zůstala i nadále zemědělsky zaměřená.
Po roce 1948 se v Jihočeském kraji začalo s budováním podniků, zaměřených především na strojírenský průmysl (Motor, ZVVZ, ČZ,…). Budování průmyslu navazovalo i na místní tradice, a to především v rozvoji dřevozpracujícího (Jitona, Jihočeské dřevařské závody), textilního (Jitex, Otavan, Šumavan, Jitka, Fezko) a potravinářského průmyslu (Jihočeské mlékárny).
Rozložení průmyslových a obchodních ploch v Jihočeském kraji je v současnosti ovlivněno tradicí průmyslové výroby v městských centrech. V posledním období hraje roli i geografické umístění v blízkosti ekonomicky rozvinutých států - Rakouska a Německa. Průmyslová výroba je koncentrována především v českobudějovické aglomeraci a v okresech Tábor a Strakonice. Převažuje zpracovatelský průmysl (výroba dopravních prostředků, strojů, zařízení a elektrotechniky, výroba potravin a nápojů, textilní a oděvní). Novým energetickým centrem je jaderná elektrárna Temelín.
Přes velmi silné industriální vlivy stále hraje důležitou roli primární sektor (zemědělství, lesnictví a rybářství) - Jihočeský kraj má po kraji Vysočina druhý nejvyšší podíl zaměstnanosti v zemědělství (8,9%). Zemědělství Jihočeského kraje se v rostlinné výrobě orientuje na pěstování obilovin, olejnin (řepka olejka), brambor a ovoce (třešně, jablka, rybíz, švestky). V živočišné výrobě je významný chov skotu, drůbeže a prasat. Dlouholetou tradici má v Jihočeském kraji rybníkářství. Chov ryb v 25 000 ha vodních ploch představuje polovinu produkce v rámci celého Česka. Významná je produkce dřeva, zejména smrkového, ale i borového (Třeboňsko).
Jihočeský kraj se stává významnou turistickou a rekreační oblastí. Cestovní ruch zaznamenal v posledních letech největší nárůst podílu na podnikatelských aktivitách v kraji. Jihočeský kraj má po Praze 2. největší ubytovací kapacitu (47 929 lůžek) a je turisty čtvrtým nejnavštěvovanějším krajem Česka (po Praze, Jihomoravském kraji a Královehradeckém kraji).