Jihočeským kraje vede dálnice D3.
Dálnice D3 má spojovat Prahu a České Budějovice přes Tábor a pokračovat jižním směrem k výjezdu na Český Krumlov. Dále na hranice s Rakouskem má pokračovat jako Rychlostní silnice R3, kde se má spojit s připravovanou rakouskou rychlostní silnicí S10.
Zatím je zprovozněno 12 km v plném profilu a 17 km v polovičním profilu.
Historie výstavby dálnice D3:
Výstavba dálnice byla plánována od roku 1987, o rok později zahájena stavbou obchvatu Tábora. Vládním usnesením z února 1997 č. 86 byla dálnice vyjmuta z dálniční sítě, o dva roky později pak vládním usnesením č. 741 z července 1999 (za nesouhlasu MŽP) opět zařazena do dálniční sítě.
V říjnu 2004 byl předán do provozu první 8,3 km dlouhý úsek Chotoviny - Tábor. Úsek Mezno - Chotoviny byl stavěn od roku 2005 a zprovozněn 17. prosince 2007.
Mimoto byly od přelomu 80. a 90. let 20. století uváděny do provozu přeložky silnice I/3, které byly konstruovány jako jeden pás dálnice a kde už pouze zbývá vybudovat druhý pás, popř. mimoúrovňové křížení. Jedná se o obchvat Veselí nad Lužnicí a úsek Ševětín – Borek.